مدرسه عالی و دانشگاه شهید مطهری (مدرسه سپهسالار سابق) یکی از مهم‌ترین مراکز علوم عقلی اسلامی در سده اخیر به شمار می‌آید. حکمای بزرگی چون میرزا ابوالحسن جلوه اصفهانی، میرزا هاشم اشکوری گیلانی، میرزا مهدی آشتیانی، سید محمدکاظم عصار و ابوالحسن شعرانی از مدرسان علوم عقلیِ مدرسه سپهسالار بوده‌اند. پس از انقلاب اسلامی نیز بسیاری از اساتید مبرّز کلام، فلسفه و حکمت اسلامی در این مرکز علوم اسلامی به تدریس پرداخته‌اند.

مدرسه عالی شهید مطهری از سال 1361 به عنوان یک دانشگاهِ حوزوی فعالیت خود را ادامه داده و در کنار رشته‌های علوم منقول، آموزش و پژوهش در رشته‌های علوم معقول به شیوه آکادمیک را با حفظ سبک سنّتی حوزوی در قالب برنامه رسمی دانشگاهی دنبال نموده است. و در حال حاضر پذیرای علاقه‌مندان مستعد و واجد شرایط در سطوح کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری است.